مقصد سوم آی پکس ظرفیت سازی مؤسسات جامعه ی مدنی بوده تا فعالیتهای آنها را به طور مؤثر و با شفافیت و حسابدهی تام طرح، تطبیق، تنظیم، نظارت و ارزیابی کند.

فعالیتهای آی پکس تحت مقصد سوم بر ایجاد یک زیربنای پایدار تمرکز نموده تا از انکشاف مؤسسات جامعه ی مدنی در سراسر افغانستان حمایت کند. این زیربنا بر شبکه ای از 10 مؤسسۀ غیر دولتی مشتمل بوده که عبارت از مؤسسسات همکار محلی کاونترپارت برای تطبیق برنامۀ آی پکس است. "مجتمع جامعه ی مدنی افغان" و "مرکز تعلیمی زنان افغان" که در کابل موقعیت دارد به حیث مؤسسات حمایوی میانجی همکاری میکند. کاونترپارت از سال 2005 به اینسو، از میتودولوژیهای ارزیابی اجتماع گرفته تا برنامه ریزی عملیاتی تقویۀ روشها، در همه چیز برای تجهیز مؤسسات حمایوی میانجی آموزش و مساعدت مناسب تخنیکی فراهم میکند تا به یک شبکۀ هشت مؤسسۀ غیر دولتی که عبارت از مراکز حمایوی جامعه ی مدنی بوده و در سراسر افغانستان موقعیت دارد در عرصۀ ظرفیت سازی مساعدت بیشتر فراهم کند. آی پکس در مجموع 75 نفر مربی را آموزش داده که یک کادر مربیان را در کاونترپارت، مؤسسات حمایوی میانجی، و مراکز حمایوی جامعه ی مدنی تشکیل میدهد. این کادر مربیان قادر خواهد بود که برای جامعه ی مدنی افغان در سالهای آینده حمایت دوامدار فراهم کند. علاوه بر این، ارزیابیهای انکشاف مؤسساتی از 10 مؤسسۀ همکار نشاندهندۀ آنست که 80 در صد این مؤسسات ظرفیت مؤسساتی خود را تا خزان سال 2007 بهبود بخشیده اند.  

مراکز حمایوی جامعه ی مدنی به همکاری مؤسسات حمایوی میانجی برای 205 مؤسسۀ محلی جامعه ی مدنی، به شمول شوراهای انکشافی محلی، شوراها/جرگه ها، مؤسسات غیر دولتی و دیگر مؤسسات در هر ولایت کشور آموزش مستقیم فراهم میکند که تا کنون به آموزش 1,320 نفر انجامیده است. این مؤسسات محلی در سه حوزه ی عمده که عبارتند از توضیح ماهیت مؤسسات جامعه ی مدنی در زمینۀ دموکراسی طرح شده، فراهم کردن ابزار لازم برای اجتماعات محلی جهت شناسایی نیازمندیهای آنها و ارائه ی راه حلها، و طرح پروژه های خوب بر اساس این نیازمندیها.